PROGRAM
専門コース(基礎/応用)
脱Dry!脱写経!
ゲノムインフォマティクス演習
2025.2.26(水) 〜 2025.2.28(金)
全3日間開催
- 講師:沖 真弥
- 熊本大学 生命資源研究支援センター 教授
- 日時
- 2025.2.26(水) 〜 2025.2.28(金)全3日間開催2/26 15:00-17:00, 2/27 9:30-17:00, 2/28 9:30-17:00
脱Dry!脱写経!
ゲノムインフォマティクス演習- 会場
- 対面京都大学メディカルイノベーションセンター棟 1階セミナー室※完全オンサイト実施です。すべての日程にご参加いただける方が対象です。
- 受講料(税込)
- 126,500円 (税込)
- 定員
- 25名 定員に達し次第締め切ります
- 申込期限
- 2025.1.31(金)
-バイオ系の企業/アカデミア研究者で、遺伝子発現制御に関わる研究をしている方
-ドライ解析が全く未経験、またはコードの写経だけで疲れてしまった経験のある方
-全日程 (3日間)を通してご参加可能な方
- 講師:沖 真弥
- 熊本大学 生命資源研究支援センター 教授
10年以上にわたりマウスの発生生物学を研究してきたが、遺伝子の発現制御機構をデータ駆動的に理解したいと考え、世界中で行われたChIP-seq実験などのエピゲノミクスデータを統合したデータベース、ChIP-Atlasを開発した。その十数万件ものエピゲノミクスデータを統合的に分析することにより、遺伝性疾患のしくみの解明や、創薬ターゲットの探索などをおこなっている。また最近では、局所領域の遺伝子発現情報を高深度に検出できる空間トランスクリプトーム技術、photo-isolation chemistry (PIC) を開発している。局所的な細胞集団のプロファイリングが可能となるこの新技術と、上述のデータ解析手法を駆使した多元的アプローチにより、疾患原理の解明と診断や治療への応用をめざす。
Oki Lab
- 講師:鄒 兆南
- 熊本大学 生命資源研究支援センター 助教
マウス初期胚の形態形成を中心に、発生生物学研究に取り組んでいたウェット研究者だったが、コストをかけずにアイデアを試せる自由さに惹かれ、ドライに転向。当初はプログラミングの知識が全くなく、なんとなく難しそうという先入観があったが、沖教授の助言と指導により、わずか数ヶ月でデータベースを開発したり、解析ツールを作ったりできるようになった。現在はウェットとドライの両面でデータ駆動型の創薬研究に挑んでいる。
NGS 解析の初心者でも、世界中の公共 RNA-seq や ChIP-seq データを再解析し、医学・生理学的な知見を見出すことができるようになる。ウェット研究者でもある講師が基礎から指導いたします。
講師 沖先生による講義紹介動画は こちら
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第1部:ChIP-Atlas で遊ぶ
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2月26日(水)15:00-17:00
- 世界中のChIP-seqデータを利活用できる
- 遺伝子の上流因子やヒストン修飾状態がわかる
- 疾患SNPに結合する転写因子が分かる
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第2部:ChIP-seqの解析術
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2月27日(木)9:30-17:00
- 公共データへのアクセスと利活用法を身につける
- ChIP-seqやATAC-seqデータの解析法を習得する
- 解析データを可視化し疾患メカニズムを考察する
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第3部:RNA-seqの解析術
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2月28日(金)9:30-17:00
- RNA-seqデータの解析法を習得する
- 解析データをグラフやヒートマップで可視化する
- 差次的発現遺伝子の機能を考察し上流制御因子を予測する
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参加者の声
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22年4月開講:ご参加者の声
- 丁寧な資料とわかりやすい説明、先生方のサポートで、バイオインフォマティクス初心者でもついていける内容であった。(製薬)
- Wetの研究者にもわかりやすく、基礎からご解説いただけた。(製薬)
- 短い期間ながら基本的なことから実際の解析方法まで学べるように工夫されていた。解析まで自分でやってみられたことで、自分の興味にも応用できそうだった。(京大)
- ど素人だったが、なんとか今まで論文で読んでいたデータがどのような処理のもとに出ているデータか、などがしっかりわかった。外注して貯めていたデータなどをしっかり解析したい。(製薬)
- ゲノムインフォマティクスに関する知識が全くない状態で受講したが、解析方法やどのように結果を応用するかなど、イメージすることができ、ワクワクした。
(製薬)
- わかりやすい。実践的なのがありがたい(京大)
- ある程度作業をしたことがあるが、知識が整理できていないレベルの自分にとっては、わかりやすく、非常に受講した価値を感じましたので、同じレベルの人にはぜひ勧めたい。(京大)
ぜったい自分には無理だと思っていた解析技術が身近に感じられるようになった。とても分かりやすかった。(京大)
22年7月開講:ご参加者の声
- 講義の内容や順番が、初心者でも理解しやすいように作りこまれていたので、とても勉強になった(企業)
- とてもわかりやすく、親切丁寧に教えてくださり、バイオインフォマティクスが身近に感じられるようになったため(京大)
- 今回の講義を通じて、ドライの解析を身近に感じることができ、これまで以上にバイオインフォマティクスの世界に興味を抱けるようになった(企業)
- 大変わかりやすく、資料も充実しており、勉強になった(京大)
これまで、とっつきにくいと思っていたコマンドラインの操作に関して丁寧に解説いただき、DryとWetのつながって考えることができるようになった(企業)
- 宣言頂いていた通り、コンピューターの勉強でなく研究の延長線上に感じられた(企業)
- 全てが非常にわかりやすく、ゲノムインフォマティクスのみでなくコマンドラインの基礎からも勉強できたため、様々な場面で応用が利かせられる講習会であったと思う(企業)
- ゲノミクスデータを扱ううえで未経験者には想像しにくい解析フローを実際に手を動かして学ぶことができるので、オミクス解析を研究に取り入れたいが敷居が高くて踏み出せない、という同僚がいればぜひ薦めたいと感じた(企業)
共催:京大オリジナル株式会社・京都大学大学院医学研究科 創薬医学講座